นอกจากคาร์โบไฮเดรทแล้วพืชยังผลิตโปรตีนและไขมันเป็นสารปฐมภูมิด้วย ยิ่งกว่านั้นยังมีกระบวนการต่อเนื่องทางชีวเคมีที่ซับซ้อนอื่น ๆ เพื่อผลิตสารทุติยภูมิที่เป็นประโยชน์ต่อพืชเอง เช่น ในการป้องกันตัวและสารเหล่านี้ยังมีประโยชน์ต่อสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ อีกมากมาย ซึ่งจะกล่าวถึงต่อไป

ตัวอย่างสารทุติยภูมิจากพืช

กลุ่มอัลคาลอยด์ เช่น คาเฟอีน และฝิ่น
กลุ่มฟีนอลิก
เช่น lignin flavonoid และ tannin
กลุ่มเทอร์ปีนส เช่น น้ำมันหอมระเหย และน้ำยาง


สารบางอย่างในต้นไม้อาจจะเป็นพิษ หรือเป็นสิ่งเสพติด การเรียนรู้สิ่งเหล่านี้จะช่วยให้รอดพ้นจากอันตรายที่จะเกิดขึ้น